Apa sesungguhnya yang dimaksud dengan Islam Nusantara? Untuk memulai memahami Islam Nusantara, kita harus membedakan antara Islam di Nusantara dan Islam Nusantara. Islam di Nusantara konotasinya penggambaran existing Islam di wilayah Nusantara, termasuk di dalamnya sejarah perkembangan, populasi, dan ciri khas Islam di kawasan Nusantara. Sedangkan Islam Nusantara lebih kepada keunikan sifat dan karakteristik Islam di kawasan Nusantara. Dengan demikian, orang yang ahli tentang Islam di wilayah Nusantara belum tentu memahami konsep Islam Nusantara itu sendiri. Islam Nusantara melibatkan berbagai disiplin keilmuan, seperti ushul fikih, dan penafsiran terhadap nash atau teks agama. Islam Nusantara lebih banyak berhubungan dengan fenomena Islam "as the Islam" ketimbang Islam "as an Islam".