Shiki dan teman-temannya yang berkunjung ke Planet Granbell tepat sebelum berangkat ke luar cosmos itu menjumpai Ziggy, sang raja iblis yang telah bangkit kembali! Namun, Ziggy yang telah berubah jauh sampai jadi seperti orang lain itu mengklaim akan menguasai seluruh umat manusia, dan berusaha menenggelamkan Edens Zero. Shiki dan lainnya diselamatkan oleh Elsie dari situasi berbahaya tersebut, lalu mengejar Edens One, kapal Ziggy yang berangkat mencari Mother. Mereka akhirnya tiba di Dragonfall, perbatasan antara Sakura Cosmos dan luar cosmos. Bagaimanakah kisah ini akan berakhir?