Showa 20, Ibu Kota Kekaisaran... Tempat jejak pertarungan para roh heroik tertulis di balik perang dunia. Kenata Akagi adalah remaja yang lahir di keluarga keturunan Magi yang mengalami kemunduran. Suatu hari, dia mengaktifkan mystic code berupa jam pasir di rumah mendiang neneknya. Saat sadar, dia berada di tengah perang dunia, tepatnya di ibu kota kekaisaran pada tahun Showa 20. Bersama Tsukumo Fujimiya, gadis yang ditemuinya di sana, Kanata terlibat dalam "Holy Grail War", yaitu perang lain yang berlangsung di balik perang dunia...