Hanako Si Arwah Penasaran mengisahkan tentang rumor tujuh misteri, Nana Fushigi, yang ada di Akademi Kamome. Hanako merupakan salah satu dari tujuh misteri itu. Dia adalah hantu penghuni toilet wanita yang ada di biliki ketiga lantai 3 di gedung sekolah lama. Konon katanya, orang yang memanggil Hanako akan dikabulkan permintaan apapun yang diminta orang yang memanggilnya itu.
Akhirnya Amane Yugi menunjukkan jati dirinya yang sesungguhnya, “Hanako”. Tujuan utama Hanako adalah mengurung Nene yang sudah mendekati ajalnya, di dunia fiksi, agar terhindar dari kematian. Meski telah mengetahui itu, Nene yang tetap ingin kembali ke dunia asal, meminta kerja sama dari Nana Fushigi Nomor Empat, Shijima…!?