Komik ini menceritakan seorang detektif SMA yang terkadang bekerja dengan polisi untuk memecahkan kasus tertentu bernama Shinichi Kudo. Selama penyelidikan, ia disergap dan dilumpuhkan oleh anggota sindikat kejahatan yang dikenal sebagai Organisasi Hitam. Dalam upaya untuk membunuh detektif muda itu, mereka menelan paksa obat percobaan yang berbahaya. Namun, obat tersebut mengubahnya menjadi anak-anak daripada membunuhnya. Mengadopsi nama samaran Conan Edogawa dan merahasiakan identitas aslinya, Kudo tinggal bersama teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif swasta. Sepanjang seri tersebut, ia ikut serta dalam kasus yang ditangani oleh Kogoro. Meskipun demikian, setelah Kudo berhasil memecahkan kasus tersebut, ia akan menggunakan jarum bius yang tersembunyi dalam peralatan Prof. Agasa untuk membius Kogoro dan kemudian menggunakan pengubah suara yang dapat menirukan suaranya untuk mengungkapkan pemecahan kasus. Ia juga bersekolah di sekolah dasar setempat di mana ia berteman dengan beberapa teman sekelas yang membentuk Grup Detektif Cilik.