Rombongan Conan, Ran, dan Kogoro menghadiri demonstrasi pelayaran di kapal perang Aegis milik Angkatan Laut Pasukan Bela Diri Jepang. Namun, di tengah-tengah pelatihan, sebuah kapal mencurigakan yang misterius, mendekati kapal Aegis!! Ditambah lagi, dengan ditemukannya lengan manusia tanpa identitas di kapal ini. Conan yang terus menyelidiki tanpa tahu ini kasus pembunuhan atau kecelakaan, mengetahui adanya penyusup X, seorang mata-mata dari negara lain!! Semua jajaran Angkatan Laut Pasukan Bela Diri Jepang pun bekerja sama!! Simak film Conan ketujuh belas yang mencetak rekor pendapatan tertinggi sepanjang sejarah!!