Mengincar data kapal perang Aegis yang merupakan rahasia terbesar pertahanan negara Jepang, mata-mata X dari suatu negara menyusup ke dalam kapal. Conan yang melakukan investigasi kasus bersama seorang anggota pasukan bela diri perempuan, Nanami Fuji’i, akhirnya mengetahui identitas X. Meski mata-mata sudah terpojok, bahaya masih mengincar Heiji dan Kazuha yang membantu penyelidikan, begitu pula Ran!! Janji, kawan yang harus dilindungi… Conan menantang misi darurat di laut yang jauh!!