Sunda Kelapa sebagai kota Pelabuhan kemudian berkembang sebagai pusat perdagangan yang ramai dikunjungi oleh para pedagang asing. Tome Pires menyebutkan bahwa Sunda Kelapa sebagai kota Pelabuhan dipimpin oleh seorang pejabat tinggi yang bergelar Tumenggung Sang Adipati. Sementara itu kegiatan di Pelabuhan di pimpin oleh Syahbandar yang terutama mengurus masalah perdagangan dan kepabeanan. Syahbandar berasal dari kata Persia yang artinya “Penguasa Pelabuhan”. Jabatan ini banyak ditemukan di kota-kota dagang di seluruh Asia. Penyebutan Syahbandar bagi kepala Pelabuhan Sunda Kelapa menunjukkan bahwa kota pelabuhan ini merupakan bagian dari jaringan perdagangan maritim yang menghubungkan kota-kota Pelabuhan di Nusantara dan Asia. Pembentukan kampung di Jakarta Utara telah terjadi sejak sebelum kedatangan bangsa Belanda. Namun demikian, catatan yang jelas dalam bentuk dokumen terutama baru dapat ditemukan di masa VOC, yaitu di abad 17-18. Pembentukan kampung di periode tersebut terkait erat dengan upaya pemerintah kota Batavia untuk menjaga keamanan di wilayah di luar tembok kota yang di kenal sebagai wilayah Ommelanden. Pada masa itu, apa yang disebut sebagai kota Batavia adalah kota Jakarta yang sekarang disebut sebagai Kota Tua. Kota Batavia berbentuk empat persegi panjang dan tidak terlalu luas. Batas kota terlihat jelas karena Batavia adalah kota yang bertembok. Secara keseluruhan wilayah kota Batavia adalah 1 kali 1,5 km. Wilayah di dalam tembok kota dibagi dua oleh Grote Rivier atau Kali Besar. Kali ini adalah bagian muara Sungai Ciliwung yang diluruskan. Kota Batavia. Dibagi secara simetris oleh kanal-kanal yang berpotongan. Pusat pemerintahan VOC dan pemukiman pejabat tinggi dan orang-orang Eropa terkonsentrasi di sisi timur kota Batavia. Di Sebelah timur di ujung utara terdapat Kastil Batavia, bangunan benteng yang menjadi pusat kekuasaan VOC dan tempat tinggal gubernur jendral.