Alkisah dalam Kemi, santri cerdas (Ahmad Sukaimi) terjebak dalam kubangan liberalisme dan terjebak sindikat kriminal pembobol dana-dana asing untuk proyek liberalisasi di Indonesia. Kini Kemi 2 berkisah tentang perebutan kemi oleh sesama aktivis liberal. Kemi diculik dari Rumah Sakit dan dikirim ke pusat pengobatan canggih. Pergulatan Islam dan liberalisme memasuki babak yang semakin seru melibatkan Doktor Rajil, pengamat politik terkenal, dan Habib Marzuki, pegiat Islam yang dicap garis keras. Kecanggihan Doktor Rajil merekayasa proyek liberalisme harus berbenturan dengan suara hati putri kecilnya sendiri.